Di masa depan, kenaikan air laut yang tiba-tiba dan tak dapat dijelaskan akan membuat sebagian besar peradaban manusia tenggelam. Ikaruga Natsuki, seorang anak laki-laki yang kehilangan ibu dan kakinya dalam sebuah kecelakaan beberapa tahun sebelumnya, kembali dengan rasa kecewa dari kehidupan kerasnya di kota besar dan menemukan desanya yang sudah tenggelam. Tanpa keluarga, satu-satunya yang dia miliki hanyalah kapal selam yang diwariskan oleh neneknya yang seorang ahli kelautan, serta hutang-hutangnya.
Satu-satunya harapan untuk memulihkan impian masa depan yang telah hilang adalah menerima kesempatan yang ditawarkan oleh Catherine, penagih hutang yang mencurigakan. Mereka berlayar untuk mencari reruntuhan laboratorium neneknya yang tenggelam demi menemukan harta yang konon katanya ditinggalkan di sana. Namun, yang mereka temukan bukanlah harta karun; melainkan seorang gadis aneh yang tidur di dalam peti mati di dasar laut. Atri.
Atri adalah sebuah robot, tapi penampilan dan emosinya akan menipu siapa pun yang mengira dia adalah manusia yang hidup dan bernapas. Sebagai rasa syukur karena telah diselamatkan, dia membuat pernyataan kepada Natsuki: “Aku ingin memenuhi perintah terakhir tuanku. Untuk itu, aku akan menjadi kakimu!”
Di sebuah kota kecil yang perlahan-lahan diselimuti oleh lautan, musim panas yang tak terlupakan akan segera dimulai untuk anak laki-laki dan gadis robot misterius ini…
